14 августа 2015 года наместник Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря игумен Феофилакт освятил музей «Новый Иерусалим» в присутствии и.о. генерального директора музея «Новый Иерусалим» Валерия Лутовина, народного артиста России, балетмейстера, автора проекта «Русские балетные сезоны в Новом Иерусалиме» Гедиминаса Таранды, а также сотрудников музея «Новый Иерусалим».
«Сегодня знаменательный день. Мы собрались, чтобы освятить новое здание музея, который долгое время располагался в стенах монастыря. Это знаковый момент, потому что, если говорить по существу, нас собрал сам Христос и через все то, что мы сегодня совершили, снизошла благодать Божия на это место и на тех людей, которые здесь трудятся и сюда приходят», – сказал игумен Феофилакт.
История музея «Новый Иерусалим» неотделима от истории Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря, именно в его стенах был образован в 1920 году музей «Новый Иерусалим».
В течение всей советской эпохи музей был хранителем, исследователем и популяризатором архитектурного и художественного наследия Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря. Экспозиции музея располагались в Трапезных палатах и непосредственно в Воскресенском соборе.
Во время Великой Отечественной войны монастырю и музею вместе пришлось пережить немало трагических событий. В послевоенные годы несколько поколений музейщиков и реставраторов напряженно трудились над восстановлением и музея, и памятников «Нового Иерусалима».
С 1994 года началось возрождение Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря и для того, чтобы полностью передать обитель Русской Православной Церкви, было необходимо вывести с ее территории Историко-архитектурный и художественный музей «Новый Иерусалим». В 2009 году правительство Московской области разработало программу развития музея федерального значения областного подчинения. Проект включал строительство нового здания и создание современных условий для хранения, реставрации, научного изучения и экспонирования музейных коллекций. В 2012 году музей переехал из монастыря в новое здание на правом берегу реки Истры. Фондовое собрание музея включает археологические, исторические, этнографические, художественные коллекции в количестве более 180 тысяч единиц.
В настоящее время новый Музейно-выставочный комплекс «Новый Иерусалим» и Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь – это «ядро» туристского кластера «Русская Палестина». Музей «Новый Иерусалим» хранит традиции и коллекции Воскресенской обители; вместе с монастырем проводятся выставки и фестивали, традиционные праздники.